AmpliPHOX - AmpliPHOX - Wikipedia
 | Эта статья содержит контент, который написан как Реклама. (Февраль 2013) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
 | Похоже, что один из основных авторов этой статьи тесная связь со своим предметом. (Май 2013) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
В ampiPHOX Технология колориметрического обнаружения была создана как исследовательский инструмент для анализа микрочипов низкой плотности, обеспечивающий быстрое и экономичное колориметрическое обнаружение с минимальным вмешательством пользователя. Комбинация простого набора реагентов и небольшого настольного прибора обеспечивает новую мощную технологию обнаружения для микрочипов низкой плотности (<2500 точек) и производится компанией InDevR, Inc. При затратах примерно в десять раз меньше, чем на типичный сканер микрочипов, ampiPHOX обеспечивает эквивалентную аналитическую чувствительность к флуоресценции с простым колориметрическим считыванием.[1]
Ключом к технологии колориметрического обнаружения ampiPHOX является инициируемая светом химическая реакция, которая формирует твердые полимерные пятна на микроматрице. Биотинилированные мишени сначала захватываются на микроматрицу, а затем метятся инициатором, связанным со стрептавидином. Когда добавляется запатентованный раствор и свет от AmpliPHOX Reader освещает массив, полимер селективно растет только из тех мест, где были захвачены биотинилированные мишени. Процесс происходит всего за несколько минут, и его можно увидеть невооруженным глазом, а затем получить изображение с помощью устройства ampiPHOX Reader.
Принцип работы
Анализ ampiPHOX позволяет обнаруживать меченные биотином мишени с использованием света и запатентованной стрептавидиновой метки (ampiTAG), чтобы инициировать полимеризацию высокооптимизированного раствора мономера (ampiPHY). Прозрачный полимер образуется только на тех участках, где произошло событие маркировки. Контрастность полимера повышается путем нанесения простого красителя (ampiRED) перед визуализацией и анализом с использованием программного обеспечения ampiVIEW. Образовавшиеся полимерные пятна видны невооруженным глазом. На сайте InDevR видео доступен для иллюстрации концепции.
Молекулы биотина должны быть включены в мишень (и) микроматрицы до того, как будет выполнено обнаружение ampiPHOX. Это может быть достигнуто с помощью ряда коммерчески доступных или настраиваемых опций, в зависимости от вашего конкретного приложения. Краткое описание основных этапов и функций анализа ampiPHOX и считывателя ampiPHOX приведено ниже.
Маркировка
Включение ampiTAG на биотинилированный микрочип - это первый шаг к обнаружению события захвата микроматрицы. Маркировка микроматрицы с помощью ampiTAG выполняется вручную и не выполняется с помощью устройства AmpliPHOX Reader. Процесс маркировки микрочипов состоит из пятиминутной инкубации с последующей пятиминутной промывкой.
Усиление сигнала
Раствор ampiPHY вручную наносится на маркированный микрочип и подвергается воздействию света с использованием отсека для фотоактивации прибора. Во время фотоактивации ampiTAG запускает полимеризацию ampiPHY. В результате после удаления избытка ampiPHY получается бесцветный, но видимый полимер, присутствующий только в тех областях, где мишени были помечены с помощью ampiTAG. Затем этот полимер окрашивают с помощью ampiRED, чтобы пятна были видны невооруженным глазом, а также для обеспечения простой цифровой визуализации и анализа результирующих сигналов с помощью программы ampiPHOX Reader и сопутствующего программного обеспечения ampiVIEW.
Анализ данных
После окрашивания полимера предметное стекло переносится в отсек для визуализации прибора для анализа. Сначала делается простое цифровое изображение массива. Это изображение скомпилировано с другой важной информацией о микрочипе в файл данных с расширением «.ari». После сохранения файлы .ari могут быть проанализированы в любое время с помощью вкладки «Анализ» в программе ampiVIEW. Цель считается положительной, если все точки для данной цели соответствуют следующим критериям:
- s > б + 1,8 σб
Где s - средняя интенсивность пятна, б - средняя интенсивность фона (рассчитанная из 48 пикселей), а σб - стандартное отклонение интенсивности фона.
Приложения
ampiPHOX был оптимизирован для использования с субстратами стеклянных микрочипов и может использоваться как с системами на основе нуклеиновых кислот, так и с белками, и в принципе может использоваться для обнаружения любого продукта, меченного биотином. Исследования в USDA использовал эту технологию для профилирования Шига токсин -производство кишечная палочка путем идентификации кластеров генов О-антигенов и генов вирулентности.[2] Кроме того, в InDevR было проведено исследование по выявлению и типу Грипп с помощью пользовательских микрочипов ampiPHOX и InDevR в сочетании с RT-PCR. Эта работа демонстрирует, что обнаружение ampiPHOX в сочетании с микрочипом низкой плотности может обеспечить недорогую альтернативу таким методам, как qRT-PCR, для наблюдения за гриппом, особенно в условиях ограниченных ресурсов.[1]
Рекомендации
- ^ а б «Новый колориметрический метод обнаружения для рентабельной идентификации гриппа на микрочипе низкой плотности» (PDF).[постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Киньонес, Беатрис; Swimley, Michelle S .; Нарм, Ко-Ын; Patel, Ronak N .; Кули, Майкл Б .; Мандрелл, Роберт Э. (2012). «Профилирование O-антигена и вирулентности Escherichia coli, продуцирующей токсин Shiga, с помощью быстрого и экономичного колориметрического метода ДНК-микрочипов». Границы клеточной и инфекционной микробиологии. 2: 61. Дои:10.3389 / fcimb.2012.00061. ЧВК 3417394. PMID 22919652.