C21orf58 - C21orf58

C21orf58
Идентификаторы
ПсевдонимыC21orf58, хромосома 21 открытая рамка считывания 58
Внешние идентификаторыГомолоГен: 137684 Генные карты: C21orf58
Расположение гена (человек)
Хромосома 21 (человека)
Chr.Хромосома 21 (человека)[1]
Хромосома 21 (человека)
Геномное расположение C21orf58
Геномное расположение C21orf58
Группа21q22.3Начинать46,300,181 бп[1]
Конец46,323,875 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

54058

н / д

Ансамбль

ENSG00000160298

н / д

UniProt

P58505

н / д

RefSeq (мРНК)

н / д

RefSeq (белок)

NP_001273391
NP_001273392
NP_001273405
NP_001273406
NP_478060

н / д

Расположение (UCSC)Chr 21: 46.3 - 46.32 Мбн / д
PubMed поиск[2]н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

Открытая рамка считывания 58 хромосомы 21 (C21orf58) представляет собой белок, который у человека кодируется геном C21orf58.[3]

Ген

C21orf58 генное окружение

Locus

Ген расположен на минусовой нити дистальной половины длинного плеча Хромосома 21 в 21q22.3.[4] Транскрипт 1, включая UTR, имеет длину 22 740 п.н. и охватывает хромосомный локус 46 311 130-46 323 875.[4]

мРНК

Альтернативная сварка

мРНК варианты расшифровки 1-5 кодируют два проверенных изоформы белка из C21orf58.[5][4] Вариант транскрипта 1 кодирует более длинную первичную изоформу (1) (номер доступа: NP_470860).[3] Варианты транскрипта 2-5 кодируют более короткую изоформу (2).[4] Изоформа 2 имеет отчетливую N-конец по сравнению с Изоформой 1 в результате использования альтернативного стартовый кодон.[4] А область неизвестной функции, DUF4587, сохраняется во всех вариантах.[4]

Стенограмма[4]Протеин[4]Длина (п.[4]Длина (аа)[4]Экзоны[4]DUF4587 (aa)[4]
1Изоформа 129753228234-291
2Изоформа 216742169128-185
3Изоформа 229002167128-185
4Изоформа 229412169128-185
5Изоформа 226242169128-185

Протеин

Общие свойства

Первично кодируемый белок состоит из 322 аминокислоты, 8 общая экзоны и молекулярной массой 39,0 кДа.[3][6][7] Предсказанный изоэлектрическая точка составляет 10.06, что подтверждает прогнозируемую ядерную локализацию.[7][6]

Сочинение

Человеческий белок C21orf58 Изоформа 1 богата пролин и глутамин, и бедный цистеин, фенилаланин, и тирозин.[7] Этот белок особенно беден тирозином и не содержит остатков тирозина.[7] Изоформа 1 содержит на 20 положительно заряженных остатков больше, чем отрицательно заряженных остатков, обеспечивая дополнительную поддержку предсказанной изоэлектрической точки.[7]

Домены и мотивы

Иллюстрация C21orf58, помеченная важными доменами, мотивами и посттрансляционными модификациями.

C21orf58 Изоформа 1 имеет три консервативных домена: богатый пролином домен, богатый гистидином домен и DUF4587. Богатый пролином домен, Pro175-Pro322, как предполагается, опосредует белок-белковые взаимодействия.[8] Богатый гистидином повторяющийся домен, His292-Его299, как ожидается, упростит локализацию.[9][10] В область неизвестной функции, DUF4587 (Арг.234- Его291), является членом pfam15248 и находится исключительно в эукариоты.[11]

C21orf58 содержит сигнал ядерной локализации, The135-Лея144.[12]

Третичная структура C21orf58, предсказанная Phyre2[13]

Структура

Предполагается, что вторичная структура C21orf58 состоит в основном из доменов случайной спирали с четырьмя областями альфа-спиралей на всем протяжении белка.[14][15][16] Предсказания вторичной структуры ортологов C21orf58 показали аналогичные результаты; случайная катушка и четыре области альфа-спиралей с добавлением бета-листов повсюду.[14][15][16]

Вариант 1 транскрипта мРНК C21orf58 выровнен и концептуально транслируется с важными доменами, мотивами и посттрансляционными модификациями.

Посттрансляционные модификации

C21orf58, по прогнозам, претерпит несколько посттрансляционные модификации включая фосфорилирование, O-GlcNAc, и СУМОилирование.[17][18][19][20]

Субклеточная локализация

Иммуноцитохимия выявили локализацию C21orf58 в нуклеоплазме и ядерных тельцах.[21] Наличие последовательности ядерной локализации является дополнительным доказательством импорта белка в ядро ​​клетки.[14]

Предсказания субклеточной локализации для C21orf58 на основе аминокислотной последовательности (PSORTII ) предложил ядерную локализацию.[22] Прогнозы ортологов согласились с ядерной локализацией.[22]

Выражение

Образец тканевой экспрессии

C21orf58 конститутивно экспрессируется на низких уровнях в различных нормальных тканях (GDS3113 ), в том числе, но не ограничиваются мозг, эндокринный, Костный мозг, легкое, и репродуктивный ткани.[23]

C21orf58 конститутивно низкий уровень экспрессии во всех проанализированных тканях (GDS3113)[24]

Экспериментальные данные микрочипа ДНК

ДНК-микрочип Анализ различных экспериментов показал переменную экспрессию C21orf58 в уникальных физиологических условиях.

Было обнаружено, что C21orf58 экспрессируется на всех стадиях развития на одинаковых уровнях.[29]

Вид в сагиттальной плоскости мозг мыши на месте гибридизация отолога C21orf58 мыши (2610028H24ik). Экспрессия C21orf58 кодируется цветом по интенсивности экспрессии в диапазоне от синего (низкая интенсивность) до зеленого и красного (высокая интенсивность).[26] Атлас мозга Аллена

Гибридизация на месте

Ортолог C21orf58 у мышей 2610028H24Rik, как было обнаружено, повсеместно экспрессируется на высоких уровнях по всему мозгу мыши.[30]

Регулирование выражения

Транскрипционный

Главная промоутер для самого длинного варианта C21orf58 совпадает с началом 5'UTR и имеет длину 1143 п.н.[31] Предсказанная последовательность промотора перекрывается с 5'UTR и кодирующая последовательность перицентрина (PCNT ) на положительной цепи хромосомы 21. Предсказанные факторы транскрипции связаны с регуляцией клеточный цикл, нейрогенез, ранняя разработка, и определение пола.

Фактор транскрипции[31]Функция[31]
PLAG1Связана с ядерный импорт

Активатор транскрипции

WT1Роль в развитии мочеполовая система
ZFXПричастен к млекопитающим определение пола
АП-2Активация генов на раннем этапе развития

Выражение в клетка нервного гребня родословная

E2F4Клеточный цикл контроль

Подавление опухоли

c-MybРегулирование кроветворение
Лось-1Активатор транскрипции
KLF7Распространение клеток, дифференциация и выживание

Регулирует нейрогенез

ZBTB33Продвигает гистон деацетилирование и образование репрессивных хроматический структуры
РоазУчаствует в обонятельный нейрональная дифференциация

Взаимодействующие белки

Дрожжевой двугибридный скрининг подтвержденных белок-белковых взаимодействий с PNMA1, MTUS2, GRB2.[32] Affinity Capture -MS указала на взаимодействие с MTA2, ASH2L и FAM199X.[32] Объединение двух гибридных жертв, за которыми следуют две гибридный массив подход выявил взаимодействия с Ccdc136, Ccdc125, KRT37, KRT27, KRT35, ЗИП1, MKRN3, USHBP1 и KLHL20.[33]

Прогнозируемые взаимодействия включали белки, связанные с цитоскелет, миграция клеток, гистоновая модификация, и преобразование сигнала.

InteractorФункция
PNMA1Белок, специфичный для нейронов и семенников[34]

Связаны с паранеопластическими неврологическими расстройствами[34]

MTUS2Связанный с микротрубочками каркасный белок[35]

Роль в миграции клеток и связывании микротрубочек с плазматической мембраной[35]

GRB2Передача сигнала[36]
MTA2Компонент NuRD, деацетилазного комплекса, ремоделирующего нуклеосомы[37]
ASH2LКомпонент комплекса гистон-метилтрансферазы (HTM) HMT Set1 / Ash2[38]
Ccdc136Образование акросом в сперматогенезе[39]
Ccdc125Регулирование миграции клеток[40]
KRT37Кератин 1 типа, который гетеродимеризуется с кератином 2 типа с образованием волос и ногтей[41]
KRT27Член кератинового семейства I типа

Участвует в образовании промежуточных волокон[42]

KRT35Кератин 1 типа, который гетеродимеризуется с кератином 2 типа с образованием волос и ногтей[43]
ЗИП1Молекулярный каркасный белок, который связывает плазматическую мембрану с актиновым цитоскелетом[44]
MKRN3Играет роль в наступлении полового созревания

Часть убиквитин-протеасомной системы[45]

USHBP1Гармонин-связывающий белок[46]

Связывание актиновой нити[46]

KLHL20Связывание актиновой нити[47]

Адаптер BCR, негативный регулятор апоптоза[47]

Гомология

Строгие ортологи C21orf58 по дивергенции (MYA) и% сходства с человеческим белком C21orf58[48][49]

Паралоги

Нет человека паралоги для C21orf58.[49]

Ортологи

Ортологи C21orf58 были идентифицированы в костлявая рыба но не в хрящевые рыбы.[50] Первые 35 баз DUF4587, Arg234- Профи265, были сохранены во всех ортологичных последовательностях.[51] Самым дальним родственником из идентифицированных ортологов была рыба данио.[50]

Молекулярная эволюция

Скорость выделения C21orf58 определялась с помощью Гипотеза молекулярных часов. Путем сравнения с альфа-фибриноген и цитохорма С было определено, что C21orf58 эволюционировал с промежуточной скоростью.

м против расхождения с людьми (MYA). C21orf58 по сравнению с быстро развивающимся геном (α-фибриноген) и медленно развивающимся геном (цитохром C) по ортологам.

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000160298 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  3. ^ а б c «не охарактеризованный белок C21orf58 изоформа 1 [Homo sapiens] - белок - NCBI». ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-02-04.
  4. ^ а б c d е ж грамм час я j k л «C21orf58 хромосома 21 открытая рамка считывания 58 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-02-04.
  5. ^ «Ген: C21orf58 (ENSG00000160298) - Варианты сплайсинга - Homo sapiens - Браузер генома ансамбля 88». mar2017.archive.ensembl.org. Получено 2018-02-18.
  6. ^ а б «ExPASy - инструмент вычисления pI / Mw». web.expasy.org. Получено 2018-04-27.
  7. ^ а б c d е EMBL-EBI. «Результаты SAPS». ebi.ac.uk. Получено 2018-04-27.
  8. ^ Левицки М., Кардинал С., Геринг Н.Х., Шмидт Е.К., Конкол Б., Эулитц М., Бирчмайер В., Шапер У., Феллер С.М. (март 2001 г.). «С-концевой SH3-домен адапторного белка Grb2 с высокой аффинностью связывается с последовательностями в Gab1 и SLP-76, в которых отсутствует SH3-типичный коровый мотив P-x-x-P». Онкоген. 20 (9): 1052–62. Дои:10.1038 / sj.onc.1204202. PMID  11314042.
  9. ^ Эрнандес-Санчес И.Е., Марури-Лопес И., Феррандо А., Карбонелл Дж., Грейтер С.П., Хименес-Бремонт Дж. Ф. (07.09.2015). «Ядерная локализация дегидрина OpsDHN1 определяется мотивом, богатым гистидином». Границы растениеводства. 6: 702. Дои:10.3389 / fpls.2015.00702. ЧВК  4561349. PMID  26442018.
  10. ^ Со Я.А., Лопес В., Келлехер С.Л. (июнь 2011 г.). «Мотив, богатый гистидином, опосредует митохондриальную локализацию ZnT2 для модуляции функции митохондрий». Американский журнал физиологии. Клеточная физиология. 300 (6): C1479–89. Дои:10.1152 / ajpcell.00420.2010. ЧВК  3118624. PMID  21289295.
  11. ^ группа, NIH / NLM / NCBI / IEB / CDD. "NCBI CDD консервативный домен белка DUF4587". ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-04-27.
  12. ^ Косуги С., Хасебе М., Томита М., Янагава Х. (июнь 2009 г.). «Систематическая идентификация зависимых от клеточного цикла белков переноса нуклеоцитоплазмы дрожжей путем прогнозирования составных мотивов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 106 (25): 10171–6. Bibcode:2009PNAS..10610171K. Дои:10.1073 / pnas.0900604106. ЧВК  2695404. PMID  19520826.
  13. ^ Келли, Лоуренс. "Сервер распознавания складок PHYRE2". sbg.bio.ic.ac.uk. Получено 2018-05-07.
  14. ^ а б c Combet C, Blanchet C, Geourjon C, Deléage G (март 2000 г.). «NPS @: сетевой анализ белковой последовательности». Тенденции в биохимических науках. 25 (3): 147–50. Дои:10.1016 / s0968-0004 (99) 01540-6. PMID  10694887.
  15. ^ а б Гарнье Дж., Осгуторп Диджей, Робсон Б. (март 1978 г.). «Анализ точности и последствий простых методов для предсказания вторичной структуры глобулярных белков». Журнал молекулярной биологии. 120 (1): 97–120. Дои:10.1016/0022-2836(78)90297-8. PMID  642007.
  16. ^ а б Чжоу, Питер Y .; Фасман, Джеральд Д. (1974-01-15). «Прогнозирование конформации белков». Биохимия. 13 (2): 222–245. Дои:10.1021 / bi00699a002. ISSN  0006-2960. PMID  4358940.
  17. ^ "Сканер мотивов". myhits.isb-sib.ch. Получено 2018-04-27.
  18. ^ Basu S, Plewczynski D (апрель 2010 г.). «AMS 3.0: прогнозирование посттрансляционных модификаций». BMC Биоинформатика. 11: 210. Дои:10.1186/1471-2105-11-210. ЧВК  2874555. PMID  20423529.
  19. ^ Гупта Р., Брунак С. (2002). «Прогнозирование гликозилирования протеома человека и корреляция с функцией белка». Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу. Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу: 310–22. Дои:10.1142/9789812799623_0029. ISBN  978-981-02-4777-5. PMID  11928486.
  20. ^ Хилгарт Р.С., Мерфи Л.А., Скэггс Х.С., Вилкерсон, округ Колумбия, Син Х, Сардж К.Д. (декабрь 2004 г.). «Регулирование и функции модификации СУМО». Журнал биологической химии. 279 (52): 53899–902. Дои:10.1074 / jbc.R400021200. PMID  15448161.
  21. ^ "C21orf58 - Антитела - Атлас белков человека". proteinatlas.org. Получено 2018-05-01.
  22. ^ а б «Прогноз PSORT II». psort.hgc.jp. Получено 2018-05-06.
  23. ^ «49003066 - Профили GEO - NCBI». ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-01.
  24. ^ «GDS3113 / 152620». ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-01.
  25. ^ "GDS2919 / 238541_at". ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-06.
  26. ^ а б "GDS3429 / 19723". ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-06.
  27. ^ "GDS2697 / 238541_at". ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-06.
  28. ^ «Что такое тератозооспермия?». Тератозооспермия. 2018-04-06. Получено 2018-05-06.
  29. ^ Группа, Шулер. "Профиль EST - Hs.236572". ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-07.
  30. ^ "Детали эксперимента :: Атлас мозга Аллена: Мозг мыши". mouse.brain-map.org. Получено 2018-05-06.
  31. ^ а б c "Genomatix: результат Эльдорадо". genomatix.de. Получено 2018-05-06.
  32. ^ а б Лаборатория, Майк Тайерс. "C21orf58 Сводка результатов | BioGRID". thebiogrid.org. Получено 2018-05-05.
  33. ^ "31 бинарное взаимодействие найдено по поисковому запросу C21orf58". База данных по молекулярным взаимодействиям IntAct. EMBL-EBI. Получено 2018-08-25.
  34. ^ а б База данных, генокарты Human Gene. "Ген PNMA1 - GeneCards | Белок PNMA1 | Антитело PNMA1". genecards.org. Получено 2018-05-04.
  35. ^ а б База данных, генокарты Human Gene. "Ген MTUS2 - GeneCards | Белок MTUS2 | Антитело MTUS2". genecards.org. Получено 2018-05-04.
  36. ^ «GRB2». collab.its.virginia.edu. Получено 2018-05-05.
  37. ^ База данных, генокарты Human Gene. «Ген MTA2 - GeneCards | Белок MTA2 | Антитело MTA2». genecards.org. Получено 2018-05-06.
  38. ^ «Ash2l - субъединица комплекса гистонметилтрансферазы Set1 / Ash2 ASH2 - Mus musculus (мышь) - ген и белок Ash2l». uniprot.org. Получено 2018-05-06.
  39. ^ «CCDC136 - белок 136, содержащий домен спиральной спирали - Homo sapiens (человек) - ген и белок CCDC136». uniprot.org. Получено 2018-05-06.
  40. ^ База данных, генокарты Human Gene. «Ген CCDC125 - GeneCards | Белок CC125 | Антитело CC125». genecards.org. Получено 2018-05-06.
  41. ^ База данных, генокарты Human Gene. «Ген KRT37 - Генные карты | Белок KRT37 | Антитело KRT37». genecards.org. Получено 2018-05-06.
  42. ^ База данных, генокарты Human Gene. «Ген KRT27 - Генные карты | Белок K1C27 | Антитело K1C27». genecards.org. Получено 2018-05-06.
  43. ^ «Кератин 35 KRT35 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-06.
  44. ^ База данных, генокарты Human Gene. «Ген SPTA1 - GeneCards | Белок SPTA1 | Антитело SPTA1». genecards.org. Получено 2018-05-06.
  45. ^ Справка, Дом генетики. «Ген MKRN3». Справочник по генетике. Получено 2018-05-06.
  46. ^ а б База данных, генокарты Human Gene. «Ген USHBP1 - Генные карты | Белок USBP1 | Антитело USBP1». genecards.org. Получено 2018-05-06.
  47. ^ а б «KLHL20 - Кельч-подобный белок 20 - Homo sapiens (человек) - ген и белок KLHL20». uniprot.org. Получено 2018-05-06.
  48. ^ «Дерево времени :: Шкала времени жизни». timetree.org. Получено 2018-05-04.
  49. ^ а б "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-04.
  50. ^ а б «Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью белкового запроса». blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-04.
  51. ^ EMBL-EBI. «Инструменты биоинформатики для множественного выравнивания последовательностей . ebi.ac.uk. Получено 2018-05-04.