FluChip - FluChip - Wikipedia

В FluChip это низкая плотность Микрочип ДНК для выявления грипп вирусы, первоначально разработанные в Колорадский университет в Боулдере в лаборатории профессора Кэти Роулен[1] в сотрудничестве с Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC) в Атланте.

Проект финансировался в 2003 г. Национальный институт аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID), часть Национальные институты здоровья.Оригинальный FluChip [2][3]был разработан для обнаружения вирусов гриппа A и B с использованием трех генов-мишеней: HA (Гемагглютинин ), NA (Нейраминидаза ) и M (матричные) генные сегменты. Были разработаны многочисленные короткие последовательности захвата ДНК, [4] и используется как для вирусов гриппа типа А, так и для подтипа вирусов гриппа за счет генетического сходства и различий. Общий анализ состоял из ОТ-ПЦР амплификация РНК гриппа, последующая транскрипция стока с использованием ПЦР продукт в качестве матрицы и гибридизация флуоресцентно-меченных фрагментированных РНК к поверхности микрочипа. Общая картина интенсивности флуоресценции использовалась для определения типа и подтипов вируса (ов) гриппа.

MChip

различные подтипы гриппа А.

Когда было обнаружено, что только сегмент гена M содержит достаточно генетического разнообразия между подтипами, чтобы предоставить информацию о подтипе, последующая работа была сосредоточена на изучении этого в качестве анализа подтипов гриппа A («MChip»). MChip был использован для исследования сотен образцов, уделяя особое внимание способности различать H1N1, H3N2 человека и H3N2 человека. птичий грипп (H5N1), что привело к высокой клинической чувствительности и специфичности, как подробно описано в нескольких опубликованных исследованиях.[5][6][7][8]Другие представляющие интерес вирусы гриппа А, которые недавно были исследованы с помощью MChip, - это вирус 1918 г.Испанский грипп ' напряжение,[9]и множество пандемический вирус H1N1 / 09 образцы.[10]InDevR Inc. (Боулдер, Колорадо) лицензировала технологию FluChip от Университета Колорадо и CDC в 2009 году,[11]и разрабатывает приложение для использования в будущей платформе молекулярной диагностики.

Рекомендации

  1. ^ «Чип от гриппа» - новый способ диагностировать грипп ».
  2. ^ Таунсенд, Майкл Б.; Доусон, Эрика Д .; Мельманн, Мартин; Смагала, Джеймс А .; Dankbar, Daniela M .; Мур, Чад Л .; Смит, Кэтрин Б .; Кокс, Нэнси Дж .; и другие. (2006). «Экспериментальная оценка диагностического микрочипа FluChip для эпиднадзора за вирусом гриппа». Журнал клинической микробиологии. 44 (8): 2863–2871. Дои:10.1128 / JCM.00134-06. ЧВК  1594652. PMID  16891504.
  3. ^ Мельманн, Мартин; Доусон, Эрика Д .; Таунсенд, Майкл Б.; Smagala, James A .; Мур, Чад Л .; Смит, Кэтрин Б .; Кокс, Нэнси Дж .; Kuchta, Robert D .; Роулен, Кэти Л. (2006). «Надежный метод выбора последовательности, используемый для разработки диагностического микрочипа FluChip для вируса гриппа». Журнал клинической микробиологии. 44 (8): 2857–2862. Дои:10.1128 / JCM.00135-06. ЧВК  1594657. PMID  16891503.
  4. ^ Smagala, James A .; Доусон, Эрика Д .; Мельманн, Мартин; Таунсенд, Майкл Б.; Kuchta, Robert D .; Роулен, Кэти Л. (2005). «ConFind: надежный инструмент для идентификации сохраненных последовательностей». Биоинформатика. 21 (24): 4420–4422. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti719. PMID  16239306.
  5. ^ Доусон, Эрика Д .; Мур, Чад Л .; Смагала, Джеймс А .; Dankbar, Daniela M .; Мельманн, Мартин; Таунсенд, Майкл Б.; Смит, Кэтрин Б .; Кокс, Нэнси Дж .; и другие. (2006). «MChip: инструмент для надзора за гриппом». Аналитическая химия. 78 (22): 7610–7615. Дои:10.1021 / ac061739f. PMID  17105150.
  6. ^ Доусон, Эрика Д .; Мур, Чад Л .; Dankbar, Daniela M .; Мельманн, Мартин; Таунсенд, Майкл Б.; Смагала, Джеймс А .; Смит, Кэтрин Б .; Кокс, Нэнси Дж .; и другие. (2007). «Идентификация вирусов гриппа A / H5N1 с помощью единственного генного диагностического микрочипа». Аналитическая химия. 79 (1): 378–384. Дои:10.1021 / ac061920o. PMID  17194164.
  7. ^ Мельманн, Мартин; Боннер, Алета Б .; Уильямс, Джон В .; Dankbar, Daniela M .; Мур, Чад Л .; Kuchta, Robert D .; Подсиад, Эми Б .; Тамериус, Джон Д .; и другие. (2007). «Сравнение MChip и вирусной культуры, ПЦР с обратной транскрипцией и теста QuickVue Influenza A + B для быстрой диагностики гриппа». Журнал клинической микробиологии. 45 (4): 1234–1237. Дои:10.1128 / JCM.02202-06. ЧВК  1865827. PMID  17301287.
  8. ^ Доусон, Эрика Д .; Роулен, Кэти Л. (февраль 2010 г.). FluChip: надежный метод выбора последовательности для диагностического микрочипа гриппа. in Influenza: Molecular Virology, Wang, Q. and Tao, Y.J., eds. Норфолк, Великобритания, Caister Academic Press. ISBN  978-1-904455-57-8.
  9. ^ Мур, Чад Л .; Smagala, James A .; Смит, Кэтрин Б .; Доусон, Эрика Д .; Кокс, Нэнси Дж .; Kuchta, Роберт Дж .; Роулен, Кэти Л. (2007). "Оценка MChip с историческими вирусами гриппа A подтипа H1N1, включая штамм" испанского гриппа 1918 года ". Журнал клинической микробиологии. 45 (11): 3807–3810. Дои:10.1128 / JCM.01089-07. ЧВК  2168478. PMID  17855577.
  10. ^ «Пресс-релиз от 5 мая 2009 г.».
  11. ^ «Пресс-релиз от 28 апреля 2009 г.».

внешняя ссылка