Гаммапротеобактерии rimP-лидер - Gammaproteobacteria rimP leader

Гаммапротеобактерии rimP-лидер
Gammaproteo rimP leader.png
Сохранено вторичная структура лидера rimP, показывая долю канонических пар оснований
Идентификаторы
Символобод
РфамRF01770
Прочие данные
РНК типЦис-рег; лидер
Домен (ы)Гаммапротеобактерии
PDB структурыPDBe

В γ-протеобактериальный лидер rimP это предполагаемый элемент аттенюатора, обозначенный биоинформатика внутри бактерий филума γ-протеобактерий.[1] Он расположен выше по течению rimP-nusA-infB оперон кодирующий RimP, белок, участвующий в созревании 30S субъединицы рибосомы,[2] NusA, фактор транскрипции, контролирующий терминацию, и трансляцию фактор инициирования IF-2 соответственно. RIMP-лидер представляет Ро-независимый терминатор на 3 'конце, соответствующем высококонсервативному GGGc (...) gCCC мотив. Предполагается, что этот мотив действует как некодирующий лидер. Его механизм остается неизвестным, но есть соблазн предположить регулирующее участие Белок NusA, которое, как было показано, снижает экспрессию оперона,[3][4] и который уже участвует в ослаблении оперонов Trp, His и S10.[5]

Рекомендации

  1. ^ Навилль, М; Готере, Д. (2010). «Анализ преждевременного терминатора проливает свет на скрытый мир бактериального ослабления транскрипции». Геномная биология. 11 (9): R97. Дои:10.1186 / gb-2010-11-9-r97. ЧВК  2965389. PMID  20920266.
  2. ^ Nord S, Bylund GO, Lövgren JM, Wikström PM (2009). «Белок RimP важен для созревания 30S субъединицы рибосомы». Дж Мол Биол. 386 (3): 742–753. Дои:10.1016 / j.jmb.2008.12.076. PMID  19150615.
  3. ^ Пламбридж Дж. А., Дондон Дж., Накамура И., Грюнберг-Манаго М. (1985). «Влияние белка NusA на экспрессию оперона nusA, infB в E. coli». Нуклеиновые кислоты Res. 13 (9): 3371–3388. Дои:10.1093 / nar / 13.9.3371. ЧВК  341241. PMID  2987884.
  4. ^ Накамура Ю., Пламбридж Дж., Дондон Дж., Грюнберг-Манаго М. (1985). «Доказательства ауторегуляции оперона nusA-infB Escherichia coli». Ген. 36 (1–2): 189–193. Дои:10.1016 / 0378-1119 (85) 90085-Х. PMID  2998933.
  5. ^ Ворбс М, Буренков Г.П., Бартуник Х.Д., Хубер Р., Валь М.К. (2001). «Расширенная поверхность связывания РНК через матричные домены S1 и KH в факторе транскрипции NusA». Mol Cell. 7 (6): 1177–1189. Дои:10.1016 / S1097-2765 (01) 00262-3. PMID  11430821.

внешняя ссылка