KDM2B - KDM2B - Wikipedia

KDM2B
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыKDM2B, CXXC2, FBXL10, Fbl10, JHDM1B, PCCX2, лизиндеметилаза 2B
Внешние идентификаторыOMIM: 609078 MGI: 1354737 ГомолоГен: 13069 Генные карты: KDM2B
Расположение гена (человек)
Хромосома 12 (человек)
Chr.Хромосома 12 (человек)[1]
Хромосома 12 (человек)
Геномное расположение KDM2B
Геномное расположение KDM2B
Группа12q24.31Начинать121,429,096 бп[1]
Конец121,581,023 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_001005366
NM_032590

RefSeq (белок)

NP_001005366
NP_115979

NP_001003953
NP_038938
NP_001365792
NP_001365793
NP_001365794

Расположение (UCSC)Chr 12: 121,43 - 121,58 МбChr 5: 122,87 - 122,99 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Человек KDM2B ген кодирует белок лизин (K) -специфическая деметилаза 2B.[5]

Тканевое и субклеточное распределение

KDM2B широко и высоко экспрессируется в эмбриональных тканях (особенно в развивающейся центральной нервной системе позвоночных). Экспрессия KDM2B также сохраняется в большинстве органов у взрослых.[6] Белок присутствует в нуклеоплазме и обогащен ядрышком, где он связывает транскрибируемую область рибосомальной РНК, подавляя транскрипцию генов рибосомной РНК, что ингибирует рост и пролиферацию клеток.[7]

Структура

Белок KDM2B имеет несколько доменов, включая домен JmjC, который обладает гистон-деметилазной активностью, деметилируя триметилированный Lys-4 и диметилированный Lys-36 гистона H3.[8][7] Это также сердцевина неканонического репрессивного комплекса polycomb 1.1 (ncPRC1.1), содержащего BCOR, PCGF1, RING1 / 2 и RYBP, который моноубиквитилирует гистон H2A на K119.[9][10][11][12]

Функция

Этот ген кодирует член F-бокс протеин семья, которая характеризуется примерно 40 аминокислота мотив, F-box. Белки F-бокса составляют одну из четырех субъединиц убиквитин белок лигаза комплекс, называемый SCF (SKP1-cullin-F-box), который функционирует в фосфорилирование -зависимое убиквитинирование. Белки F-бокса делятся на 3 класса: Fbws, содержащие домены WD-40, Fbws, содержащие домены WD-40. лейцин -богатые повторы и Fbx, содержащие либо разные модули белок-белкового взаимодействия, либо не распознаваемые мотивы. Белок, кодируемый этим геном, принадлежит к классу Fbls. Несколько альтернативно сращенный стенограмма варианты были обнаружены для этого гена, но полноразмерная природа некоторых вариантов не была определена.[5]

Было обнаружено, что как часть комплекса ncPRC1.1, KDM2B быстро и временно рекрутируется в сайты повреждения ДНК PARP1- и TIMELESS-зависимым образом, способствуя моноубиквитилированию гистона H2A на K119 с сопутствующим локальным снижением уровней H2A и увеличение H2A.Z. Эти события способствуют репрессии транскрипции в повреждениях ДНК, передаче сигналов о двухцепочечном разрыве и восстановлению гомологичной рекомбинации. Активность комплекса ncPRC1.1 в повреждениях ДНК была необходима для правильного рекрутирования двух канонических комплексов PRC1 (cPRC1.2 и cPRC1.4), определяемых их субъединицами PCGF, MEL18 и BMI1 соответственно. Следовательно, рекрутирование комплекса ncPRC1.1 представляет собой ранний и критический этап регуляции в репарации гомологичной рекомбинации.[13]

Клиническое значение

Потеря KDM2B приводит к серьезным дефектам развития (дефекты роста в головном мозге, включая нарушение закрытия нервной трубки и черепно-лицевые пороки развития, гематопоэтическое развитие), что приводит к эмбриональной летальности.[14]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000089094 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000029475 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б «Ген Entrez: лизин (K) -специфическая деметилаза 2B».
  6. ^ Саритас-Йилдирим Б., Плинер Х.А., Очоа А., Сильва Е.М. (2015). «Полногеномная идентификация и экспрессия белков семейства Xenopus F-Box». PLOS ONE. 10 (9): e0136929. Дои:10.1371 / journal.pone.0136929. ЧВК  4556705. PMID  26327321.
  7. ^ а б Фрескас Д., Гуардаваккаро Д., Бассерманн Ф., Кояма-Насу Р., Пагано М. (ноябрь 2007 г.). «JHDM1B / FBXL10 - это ядрышковый белок, подавляющий транскрипцию генов рибосомной РНК». Природа. 450 (7167): 309–13. Дои:10.1038 / природа06255. PMID  17994099. S2CID  4325942.
  8. ^ Цукада Ю., Фанг Дж., Эрдджумент-Бромаж Х., Уоррен М.Э., Борчерс С.Х., Темпст П., Чжан Ю. (февраль 2006 г.). «Деметилирование гистонов семейством белков, содержащих домен JmjC». Природа. 439 (7078): 811–6. Дои:10.1038 / природа04433. PMID  16362057. S2CID  4415889.
  9. ^ Гао З., Чжан Дж., Бонасио Р., Стрино Ф., Савай А., Паризи Ф., Клюгер Й., Рейнберг Д. (февраль 2012 г.). «Гомологи PCGF, белки CBX и RYBP определяют функционально разные комплексы семейства PRC1». Молекулярная клетка. 45 (3): 344–56. Дои:10.1016 / j.molcel.2012.01.002. ЧВК  3293217. PMID  22325352.
  10. ^ Санчес К., Санчес И., Деммерс Дж. А., Родригес П., Строубулис Дж., Видаль М. (май 2007 г.). «Протеомический анализ взаимодействующих Ring1B / Rnf2 выявил новый комплекс с гистоновой деметилазой Fbxl10 / Jhdm1B и взаимодействующим корепрессором Bcl6». Молекулярная и клеточная протеомика. 6 (5): 820–34. Дои:10.1074 / mcp.M600275-MCP200. PMID  17296600.
  11. ^ Gearhart MD, Corcoran CM, Wamstad JA, Bardwell VJ (сентябрь 2006 г.). «Убиквитин-лигазы Polycomb Group и SCF обнаружены в новом комплексе BCOR, который задействован в мишенях BCL6». Молекулярная и клеточная биология. 26 (18): 6880–9. Дои:10.1128 / MCB.00630-06. ЧВК  1592854. PMID  16943429.
  12. ^ Андрикович Дж, Кай Й, Пэн В., Фоуди А., Цацос А. (март 2016 г.). «Гистоновая деметилаза KDM2B регулирует обязательство клонов при нормальном и злокачественном гематопоэзе». Журнал клинических исследований. 126 (3): 905–20. Дои:10.1172 / JCI84014. ЧВК  4767361. PMID  26808549.
  13. ^ Рона Дж., Роберти Д., Инь И, Пэган Дж. К., Гомер Х., Сассани Е., Зик А., Бусино Л., Ротенберг Е., Пагано М. (июль 2018 г.). «PARP1-зависимое рекрутирование убиквитинлигазы FBXL10-RNF68-RNF2 на участки повреждения ДНК контролирует загрузку H2A.Z». eLife. 7. Дои:10.7554 / eLife.38771. ЧВК  6037479. PMID  29985131.
  14. ^ Ван Х, Ван Л., Эрдджумент-Бромаж Х, Видал М., Темпст П., Джонс Р. С., Чжан Ю. (октябрь 2004 г.). «Роль убиквитинирования гистона H2A в сайленсинге Polycomb». Природа. 431 (7010): 873–8. Дои:10.1038 / природа02985. PMID  15386022. S2CID  4344378.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка

  • Обзор всей структурной информации, доступной в PDB за UniProt: Q8NHM5 (Лизин-специфическая деметилаза 2B) на PDBe-KB.

Эта статья включает текст из Национальная медицинская библиотека США, который находится в всеобщее достояние.