TMEM171 - TMEM171

TMEM171
TMEM171 Structure Model.png
Идентификаторы
ПсевдонимыTMEM171, PRP2, трансмембранный белок 171
Внешние идентификаторыMGI: 2685751 ГомолоГен: 18301 Генные карты: TMEM171
Расположение гена (человек)
Хромосома 5 (человек)
Chr.Хромосома 5 (человек)[1]
Хромосома 5 (человек)
Геномное расположение TMEM171
Геномное расположение TMEM171
Группа5q13.2Начинать73,120,569 бп[1]
Конец73,131,809 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

134285

380863

Ансамбль

ENSG00000157111

ENSMUSG00000052485

UniProt

Q8WVE6

Q4KL18

RefSeq (мРНК)

NM_001161342
NM_173490

NM_001025606
NM_001373965

RefSeq (белок)

NP_001154814
NP_775761

NP_001020777
NP_001360894

Расположение (UCSC)Chr 5: 73.12 - 73.13 МбChr 13: 98.69 - 98.69 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Трансмембранный белок 171 (TMEM171) представляет собой белок что у людей кодируется TMEM171 ген.[5]

Ген

Общие свойства

TMEM171 также известен как PRP2 или протеин, богатый пролином 2. Он имеет 11526 пар оснований и 4 экзона и расположен на длинном плече хромосома 5, на 5q13.2, у человека.[6] Он охватывает от 73 120 292 до 73 131 817 на плюсовой нити. По бокам FCHO2 и TNPO1 вверх по течению и TMEM174 вниз по течению.[6]

Промоутер

Предсказанная область промотора (GXP_7598) имеет длину 2034 пары оснований и простирается за пределы первого экзона TMEM171.[7] Факторы транскрипции, которые, как предполагается, связываются с промоторной областью, включают опухолевый белок p63, факторы связывания CCCTC, факторы связывания TATA и рецепторы гормонов щитовидной железы.[8]

Выражение

TMEM171 экспрессируется умеренно и дифференциально, что указывает на то, что это не ген домашнего хозяйства и не ген, обогащенный тканями.[9][10] Его экспрессия наиболее высока в щитовидной железе, молочной железе, желудке, двенадцатиперстной кишке и почках. Он также экспрессируется на умеренных уровнях в тканях, включая селезенку, подвздошную кишку, толстую кишку, слюнную железу, и на более низких уровнях экспрессируется во множестве других тканей.[11] Шаблоны условного выражения TMEM171 включают снижение экспрессии при папиллярной карциноме щитовидной железы, раке толстой кишки и раке желудка, а также повышенную экспрессию в ткани с истощением p63 и индуцированных альвеолярных макрофагах.[12][13][14][15][16]

Профиль экспрессии TMEM171 в выбранных нормальных тканях

мРНК

TMEM171 имеет изоформы 1, 2 и X1 по 4 экзона в каждой.[5] Три транскрипта подвергаются попеременному сплайсингу в рамке считывания и транслируются в белки с 324, 323 и 305 аминокислотами соответственно.[17][18][19]

РНК-связывающие белки

5'-нетранслируемая область предсказала сайты для связывания SFRS1 и SFRS9 факторы сращивания и FUS, который объединяет транскрипцию и сплайсинг. 3 'нетранслируемая область предсказала сайты для связывания ELAVL1 и ZFP36, которые оба связывают богатые AU элементы и могут конкурировать за стабилизацию или дестабилизацию мРНК.[20]

Протеин

Общие свойства

Самый длинный белок изоформа TMEM171 состоит из 324 аминокислот в длину и имеет наблюдаемую молекулярную массу приблизительно 44 кДа.[17][21] TMEM171 - это в целом кислый белок с прогнозируемой изоэлектрическая точка примерно 5.[22]

Сочинение

TMEM171 имеет меньше остатков лизина, чем ожидается для белка человека.[23] Несмотря на то, что его псевдоним - богатый пролином белок 2, TMEM171 у людей не имеет большего количества остатков пролина, чем ожидалось; однако он имеет мультиплет из 6 остатков пролина. Более далекие ортологи, в том числе Xenopus tropicalis, имеют значительно больше остатков пролина, чем ожидалось. TMEM171 имеет 3 гидрофобных сегмента, которые соответствуют трансмембранным участкам.[23]

Домены и мотивы

Схематическое изображение TMEM171 с доменами и посттрансляционными модификациями.

TMEM171 имеет консервативный домен pfam15471 (aa4: 318), структура и функция которого еще не охарактеризованы.[5] Внутри домена имеется 4 трансмембранных домена, 2 нецитозольных домена и 3 цитозольных домена.

Структура

Структура TMEM171 состоит приблизительно из 25% бета-цепей и 15% альфа-спиралей, причем остальная часть структуры составляет спирали и неупорядоченные области.[24] Третичная структура включает 2 предполагаемых дисульфидных мостика, которые возникают между высококонсервативными остатками цистеина в нецитозольных доменах.[25]

Предсказанная структура TMEM171 с 4 трансмембранными (фиолетовый), 3 цитозольными (синий) и 2 нецитозольными (красными) доменами. Предсказано I-TASSER и просмотрено EzMol.[26][27]

Посттрансляционные модификации

TMEM171 подвергается расщеплению метионином и на N-конце ацетилирование, который является одной из наиболее распространенных модификаций эукариотических белков.[28] N-связанное гликозилирование предсказывается в высококонсервативной последовательности NETD в нецитозольном домене.[29] S-пальмитоилирование, который увеличивает поверхностную гидрофобность и сродство к мембране, предсказывается на 2 цитозольных остатках цистеина в TMEM171.[30] TMEM171 фосфорилируется неуточненными киназами по нескольким сайтам.[31] Он также претерпевает модификацию O-ß-GlcNAc в 4 сайтах, 3 из которых являются сайтами Инь-Ян из-за модификации и фосфорилирования O-ß-GlcNAc, конкурирующих за контроль активации или дезактивации белка.[32]

Концептуальный перевод TMEM171 с прогнозируемыми посттрансляционными модификациями.

Локализация

Предполагаемое местоположение TMEM171 находится в плазматической мембране, причем как N-, так и C-концы расположены внутри клетки.[33][34]

Взаимодействующие белки

Белки, которые, скорее всего, будут взаимодействовать с TMEM171, на основе аффинная хроматография и два гибридных массива, являются MIER1, EMSY, ТЭЦ1, HDLBP, NEDD4, WWOX, и TTHY3.[35] Имеются убедительные доказательства прямого взаимодействия между TMEM171 и MIER1, который является репрессором транскрипции, связанным с центральным гипотиреозом.[36]

Клиническое значение

TMEM171 понижает регуляцию в папиллярная карцинома щитовидной железы и два SNP с несинонимичными мутациями R86G и N139K идентифицированы SNP риска папиллярной карциномы щитовидной железы. [37][38][39] TMEM171 также подавляется при раке желудка и рака толстой кишки. [13][14] В частности, он снижается при раке правой толстой кишки по сравнению с раком левой толстой кишки, который обычно имеет лучший прогноз.[40] При раке почек высокая экспрессия TMEM171 является благоприятным прогностическим маркером.[41] . В трижды отрицательных клетках рака молочной железы иммуноактивация путем фактор некроза опухоли альфа (TNFα) было обнаружено, что он активирует TMEM171.[42]

Эволюция

TMEM171 имеет подписи балансирующий выбор, которые включают значительный избыток полиморфизмов и аллелей промежуточной частоты.[43]

Гомология

TMEM171 не имеет паралоги или паралогичные домены. TMEM171 имеет 208 идентифицированных ортологов.[5] Все ортологи - позвоночные, включая млекопитающих, земноводных, рептилий, птиц, рыба с лопастными плавниками, и хрящевые рыбы. В следующей таблице представлен образец пространства ортологов TMEM171.

Род и видРегистрационный номер NCBIДата расхождения (MYA)[44]Длина последовательностиИдентичность последовательности[45]
Homo sapiens (Человек)NP_775761.40324100%
Пан троглодиты (Шимпанзе)XP_009447304.1632499%
Saimiri boliveiensis (Черношапочная беличья обезьяна)XP_010334830.1  42.632491%
Mus musculus (Мышь)XP_006517772.18832375%
Myotis lucifugus (Маленькая коричневая летучая мышь)XP_006081400.19432582%
Vulpes vulpes (Лиса)XP_025838976.19432173%
Chrysochloris asiatica (Мыс золотой крот)XP_006875335.1  10232673%
Sarcophilus harrisii (Тасманский дьявол)XP_003759514.116033267%
Empidonax traillii (Мухоловка ивовая)XP_027739189.132033352%
Анас платиринхос (Кряква)XP_027302666.1  32033047%
Xenopus tropicalis (Западная когтистая лягушка)XP_012815192.135333254%
Ринкодон тип (Китовая акула)XP_020374629.1  46531136%
Callorhinchus milii (Австралийская акула-призрак; рыба-слон)XP_007898003.146529331%

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000157111 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000052485 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б c d Национальный центр биотехнологической информации. «Трансмембранный белок 171». NCBI Gene.
  6. ^ а б Институт науки Вейцмана. "Ген TMEM171". Генные карты База данных генов человека.
  7. ^ Intrexon Bioinformatics Germany GmbH. "Эльдорадо: аннотация генома и браузер". Программный пакет Genomatix.
  8. ^ Intrexon Bioinformatics Germany GmbH. «МатИнспектор». Программный пакет Genomatix.
  9. ^ She X, Rohl CA, Castle JC, Kulkarni AV, Johnson JM, Chen R (июнь 2009 г.). «Определение, сохранение и эпигенетика домашних и тканевых генов». BMC Genomics. 10 (1): 269. Дои:10.1186/1471-2164-10-269. ЧВК  2706266. PMID  19534766.
  10. ^ Дезсо З., Никольский Ю., Свиридов Э., Ши В., Серебряная Т., Досымбеков Д. и др. (Ноябрь 2008 г.). «Комплексный функциональный анализ тканевой специфичности экспрессии генов человека». BMC Биология. 6 (1): 49. Дои:10.1186/1741-7007-6-49. ЧВК  2645369. PMID  19014478.
  11. ^ Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). «Профиль GDS3834». Омнибус экспрессии генов (GEO) профили.
  12. ^ Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). «Профиль экспрессии GDS1665». Омнибусный репозиторий экспрессии генов.
  13. ^ а б Хао С, Ур Дж, Ян Цюй, Ван А, Ли З, Го И, Чжан Джи (апрель 2019). «Идентификация ключевых генов и циркулярных РНК при раке желудка человека». Монитор медицинских наук. 25: 2488–2504. Дои:10.12659 / MSM.915382. ЧВК  6463957. PMID  30948703.
  14. ^ а б Ян, Ванли; Ма, Цзяоцзяо; Чжоу, Вэй; Ли, Цзычао; Чжоу, Синь; Цао, Бо; Чжан, Юйцзе; Лю, Цзиньцян; Ян, Чжипин (27.12.2018). «Идентификация узловых генов и исход при раке толстой кишки на основе биоинформатического анализа». Лечение рака и исследования. 11: 323–338. Дои:10.2147 / смar.s173240. ЧВК  6312054. PMID  30643458.
  15. ^ Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). «Профиль экспрессии GDS2534». Омнибусный репозиторий экспрессии генов.
  16. ^ Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). «Профиль экспрессии GDS4419». Омнибусный репозиторий экспрессии генов.
  17. ^ а б Национальный центр биотехнологической информации. «Трансмембранный белок 171 изоформа 1». NCBI белок.
  18. ^ Национальный центр биотехнологической информации. «Трансмембранный белок 171 изоформа 2». NCBI белок.
  19. ^ Национальный центр биотехнологической информации. «Трансмембранный белок 171 изоформа X1». NCBI белок.
  20. ^ «RBPDB: База данных специфичностей РНК-связывающих белков».
  21. ^ «Антитело против TMEM171». Сигма-Олдрич.
  22. ^ Швейцарский институт биоинформатики. "Compute pI / Mw Tool". ExPASy.
  23. ^ а б Европейская лаборатория молекулярной биологии - Европейский институт биоинформатики (EMBL-EBI). «Статистический анализ белковых последовательностей (SAPS)».
  24. ^ «Метод прогнозирования вторичной структуры SOPMA». Праби.
  25. ^ Группа машинного обучения и нейронных сетей. «Дисульфинд».
  26. ^ Университет Мичигана. «Прогнозы структуры и функций белка I-TASSER». Zhang Lab.
  27. ^ Рейнольдс ЧР, Ислам С.А., Штернберг MJ (июль 2018 г.). «EzMol: мастер веб-сервера для быстрой визуализации и создания изображений структур белков и нуклеиновых кислот». Журнал молекулярной биологии. 430 (15): 2244–2248. Дои:10.1016 / j.jmb.2018.01.013. ЧВК  5961936. PMID  29391170.
  28. ^ «N-ацетилирование и начальный предиктор метионина». Терминус.
  29. ^ "Сервер NetNGlyc 1.0". DTU Bioinformatics: Кафедра биоинформатики и медицинской информатики.
  30. ^ Рабочая группа по кукушке. "CSS-Palm: Прогнозирование сайта пальмитоилирования".
  31. ^ Блом, Николай. "Сервер Net Phos 3.1". ДТУ Биоинформатика.
  32. ^ Гупта, Рамнек. «ИноЯН1.2». ДТУ Биоинформатика.
  33. ^ Ячдав Д., Рост Б. «Прогнозирование белка».CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  34. ^ «Фобий». Стокгольмский центр биоинформатики.
  35. ^ Кальдероне А., Кастаньоли Л., Чезарени Г. (август 2013 г.). "Мента: ресурс для просмотра интегрированных сетей взаимодействия белков". Методы природы. 10 (8): 690–1. Дои:10.1038 / nmeth.2561. PMID  23900247. S2CID  9733108.
  36. ^ Институт науки Вейцмана. «МИЭР1Ген». Генные карты.
  37. ^ Чжао Х., Ли Х. (июнь 2018 г.). «Сетевой метаанализ в идентификации биомаркеров папиллярного рака щитовидной железы». Ген. 661: 160–168. Дои:10.1016 / j.gene.2018.03.096. PMID  29625265.
  38. ^ Николова Д.Н., Зембуцу Х., Сечанов Т., Видинов К., Ки Л.С., Иванова Р. и др. (Июль 2008 г.). «Полногеномные профили экспрессии генов карциномы щитовидной железы: определение молекулярных мишеней для лечения рака щитовидной железы». Отчеты онкологии. 20 (1): 105–21. Дои:10.3892 / или.20.1.105. PMID  18575725.
  39. ^ Цю Дж., Чжан В., Ся Цюй, Лю Ф., Чжао С., Чжан К. и др. (Ноябрь 2017 г.). «Изучение механизмов папиллярной карциномы щитовидной железы с использованием транскриптомного анализа». Отчеты по молекулярной медицине. 16 (5): 5954–5964. Дои:10.3892 / ммр.2017.7346. ЧВК  5865774. PMID  28849102.
  40. ^ Су Си, Чжао Дж., Хун Х, Ян С., Цзян Й., Хоу Дж. (Ноябрь 2019 г.). «Анализ COL11A1 и TWIST1 на основе микрочипов как важных патогенных генов с различной экспрессией между левым и правосторонним раком толстой кишки». Отчеты по молекулярной медицине. 20 (5): 4202–4214. Дои:10.3892 / mmr.2019.10667. ЧВК  6797952. PMID  31545476.
  41. ^ «Экспрессия TMEM171 при раке почек - Атлас белков человека». www.proteinatlas.org. Получено 2020-04-10.
  42. ^ Бауэр Д., Маццио Е., Солиман К.Ф. (2019). «Полный транскриптомный анализ апигенина на иммуноактивированных TNFα клетках рака молочной железы MDA-MB-231». Геномика и протеомика рака. 16 (6): 421–431. Дои:10.21873 / cgp.20146. ЧВК  6885362. PMID  31659097.
  43. ^ Андрес А.М., Хубиш М.Дж., Индап А., Торгерсон Д.Г., Дегенхардт Д.Д., Бойко А.Р. и др. (Декабрь 2009 г.). «Задачи балансирующего отбора в геноме человека». Молекулярная биология и эволюция. 26 (12): 2755–64. Дои:10.1093 / молбев / msp190. ЧВК  2782326. PMID  19713326.
  44. ^ Центр биоразнообразия университета Темпл. «Время парной дивергенции». Дерево времени: шкала времени жизни.
  45. ^ Национальный центр биотехнологической информации. «Стандартный протеиновый БЛАСТ».